Thông tư 90/2026/TT-BTC về đăng ký thuế: Điểm mới so với Thông tư 86/2024

Đăng ký thuế là “cánh cửa” đầu tiên của mọi nghĩa vụ thuế. Từ 01/7/2026, cánh cửa này vận hành theo Thông tư 90/2026/TT-BTC ban hành ngày 30/6/2026 — văn bản thay thế hoàn toàn Thông tư 86/2024/TT-BTC. Bài viết phân tích trọn vẹn phạm vi, đối tượng và những thay đổi mà kế toán bắt buộc phải nắm.

Phạm vi điều chỉnh của Thông tư 90/2026/TT-BTC

Theo Điều 1, Thông tư quy định chi tiết khoản 1, khoản 3 Điều 10 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 về phạm vi đăng ký thuế và các trường hợp đăng ký trực tiếp với cơ quan thuế; đồng thời quy định chi tiết các khoản 1, 2, 3, 4 Điều 11 Luật này về mã số thuế. Thông tư cũng hướng dẫn một số nội dung được giao tại Nghị định 252/2026/NĐ-CP, gồm việc thay đổi thông tin đăng ký thuế của nhà cung cấp nước ngoài (điểm b khoản 1 Điều 40) và cấp mã số thuế riêng cho chủ quản nền tảng thương mại điện tử trong nước để khai, nộp thay (điểm a khoản 1 Điều 45).

Hai luồng đăng ký thuế: hiểu đúng để không nhầm

Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC chia người nộp thuế thành hai luồng.

Luồng một — đăng ký theo cơ chế một cửa liên thông cùng đăng ký kinh doanh, theo khoản 2 Điều 10 Luật số 108/2025/QH15. Áp dụng cho doanh nghiệp, hợp tác xã, hộ kinh doanh đăng ký qua cơ quan đăng ký kinh doanh. Với nhóm này, mã số doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế — kế toán gần như không phải làm thêm thủ tục với cơ quan thuế.

Luồng hai — đăng ký trực tiếp với cơ quan thuế, theo khoản 3 Điều 10. Khoản 2 Điều 4 liệt kê từ điểm a đến điểm p, gồm: tổ chức kinh tế không phải đăng ký doanh nghiệp; tổ chức khác có nghĩa vụ với ngân sách; tổ chức được hoàn thuế GTGT (viện trợ, ưu đãi miễn trừ ngoại giao); nhà cung cấp nước ngoài (điểm đ); cá nhân không cư trú kinh doanh thương mại điện tử (điểm e); nhà thầu nước ngoài (điểm g); tổ chức, cá nhân khấu trừ nộp thay (điểm h); hoạt động dầu khí (điểm i); hộ gia đình không thuộc diện đăng ký hộ kinh doanh (điểm k); cá nhân có thu nhập chịu thuế TNCN (điểm l); người phụ thuộc (điểm m); tổ chức nộp thuế TNDN bổ sung theo thuế tối thiểu toàn cầu (điểm o).

Điểm mới đáng giá: hệ thống hóa 4 trường hợp khấu trừ nộp thay

Điểm h khoản 2 Điều 4 lần đầu hệ thống hóa bốn trường hợp khấu trừ nộp thay trong một điều khoản:

• h.1 — nộp thay nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài.
• h.2 — tổ chức nộp GTGT theo phương pháp khấu trừ nộp thay nhà cung cấp nước ngoài.
• h.3 — chủ sàn thương mại điện tử có chức năng đặt hàng và thanh toán nộp thay người bán (dẫn chiếu Điều 43 Nghị định 252/2026/NĐ-CP). → Xem: Bài 26.
• h.4 — nộp thay cá nhân có hợp đồng, văn bản hợp tác kinh doanh.

Riêng khấu trừ thuế TNCN cho người lao động, tổ chức chi trả dùng chính mã số thuế của mình, không phải xin mã riêng.

So sánh nhanh với Thông tư 86/2024

Kế toán cần lưu ý gì?

Thứ nhất, xác định doanh nghiệp mình có rơi vào các vai “khấu trừ nộp thay” tại điểm h hay không — đây là căn cứ phát sinh thủ tục và mẫu biểu riêng.

Thứ hai, toàn bộ mẫu tờ khai đăng ký thuế đã thay mới theo phụ lục kèm Thông tư 90; không dùng lại mẫu của Thông tư 86/2024.

Thứ ba, hồ sơ nộp trước 01/7/2026 xử lý theo quy định cũ (khoản 1 Điều 37); mã số thuế đã cấp được dùng tiếp (khoản 2 Điều 37). → Xem: Bài 7.

Câu hỏi thường gặp (FAQ)

Thông tư 90/2026/TT-BTC có hiệu lực khi nào? Từ 01/7/2026, thay thế Thông tư 86/2024/TT-BTC (khoản 1 Điều 36).

Doanh nghiệp mới thành lập có phải đăng ký thuế riêng không? Không — thuộc luồng một cửa liên thông, mã số doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế.

Ai phải đăng ký trực tiếp với cơ quan thuế? Các đối tượng tại khoản 2 Điều 4, gồm tổ chức kinh tế, nhà thầu nước ngoài, tổ chức khấu trừ nộp thay, cá nhân có thu nhập chịu thuế…

Tuyên bố miễn trừ: Bài viết mang tính phân tích tham khảo, không thay thế văn bản pháp luật gốc và ý kiến tư vấn cho từng trường hợp cụ thể.